Pandora FMS, por defecto, al aplicar una política pondrá los permisos de los archivos de configuración de la carpeta /var/spool/pandora/data_in/conf/ al usuario pandora apache. Si tiene unos permisos distintos y quiere que cada vez que se ejecute algún cambio los respete, tendrá que ir al fichero de configuración del servidor /etc/pandora/pandora_server.conf y añadir las líneas:
user nombre_de_usuario group nombre_de_grupo
Una vez realizado este cambio, reinicie el servidor /etc/init.d/pandora_server restart y cualquier cambio tendrá en cuenta el usuario y grupos especificados en estos campos.